Durante la época virreinal, le correspondió al Callao, como primer puerto del Virreinato del Perú y asentamiento hispano más importante de la costa del Pacífico sudamericano, jugar un papel preponderante.
En el virreinato peruano se estableció el control de las rutas marítimas en el Pacífico, y para ello fue creada en 1570 la Armada de la Mar del Sur, destinada a ejercer el dominio efectivo sobre aquel vasto espacio marítimo.
Posteriormente, en la segunda mitad del siglo XVIII, se dio una nueva organización para las fuerzas navales presentes en el Perú, tomando como lugar de establecimiento el Callao, donde se creó una Capitanía de Puerto, entidad que pasó a ejercer el control marítimo y naval del área.
Al mismo tiempo también se estableció la Real Academia de Náutica de Lima; el Departamento Marítimo del Callao, con capitanías de puerto subordinadas en Valparaíso, Concepción y Guayaquil; el Hospital Naval de Bellavista y varios otros establecimientos.
Todo este proceso sentaría las bases materiales y humanas sobre las cuales surgiría la institución naval peruana, como elemento necesario para hacer respetar el incipiente Estado que comenzó a formarse a partir de julio de 1821. (Datos: Marina de Guerra del Perú)