Q-M3 es uno de los haplogrupos del cromosoma Y vinculado a los pueblos indígenas de las Américas.
Más del 90 % de los pueblos indígenas de Mesoamérica y Sudamérica lo poseen.
Hoy en día, estos linajes también incluyen otras ramas Q-M242 (Q-M346, Q-L54, Q-P89.1, Q-NWT01 y Q-Z780), ramas del haplogrupo C-M130 (C-M217 y C-P39) , y R-M207, que se encuentran casi exclusivamente en América del Norte.
El haplogrupo Q-M3 se define por la presencia del polimorfismo de un solo nucleótido (M3) (SNP). Q-M3 ocurrió en el linaje Q-L54 hace aproximadamente 10-15 mil años cuando la migración hacia las Américas estaba en marcha.
Existe cierto debate sobre de qué lado del Estrecho de Bering ocurrió esta mutación, pero definitivamente ocurrió en los ancestros de los pueblos indígenas de las Américas.
Las poblaciones portadoras de Q-M3 están muy extendidas en todo el continente americano.
Desde el descubrimiento de Q-M3, también se han descubierto en las Américas varios subclados de poblaciones portadoras de Q-M3. Un ejemplo es América del Sur, donde algunas poblaciones tienen una alta prevalencia de SNP M19 que define el subclade Q-M19.
M19 se ha detectado en el 59 % de los hombres amazónicos ticuna y en el 10 % de los hombres wayuu.
Los subclades Q-M19 y Q-M199 parecen ser exclusivos de las poblaciones sudamericanas y sugieren que el aislamiento de la población y tal vez incluso el establecimiento de tribus comenzó poco después de la migración a las Américas.
El hombre de Kennewick tiene un cromosoma Y que pertenece al subclado Q1b1a1a-M3 más común, mientras que el cromosoma Y de Anzick pertenece al linaje menor Q1b1a2-M971.
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