El 8 noviembre 1820, el ejército al mando de José de San Martín desembarcó en la playa de Paracas, cerca del puerto de Pisco-.
El virrey Pezuela tenía bajo su mando a unos 20 000 soldados, distribuidos por todo el virreinato, de los cuales la mayor parte defendía Lima.
Pezuela. plantea una salida diplomática al conflicto, reuniéndose los delegados de ambas partes en el pueblo de Miraflores (sur de Lima), los que finalmente no llegaron a ningún acuerdo.
San Martin se reembarca con la escuadra libertadora, y en los primeros días de noviembre desembarca en la localidad de Huacho, donde fortifica su posición e inicia una estrategia para sitiar definitivamente Lima.
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Conferencia de Punchauca
El 29 de enero de 1821 se sublevaron altos oficiales realistas contra el virrey Pezuela, quien renunció a su cargo y fue sustituido por el general José de La Serna, que sería confirmado más tarde como virrey del Perú por la corona.
El nuevo virrey propuso a San Martín nuevas negociaciones diplomáticas, que finalmente fracasaron debido a que la propuesta definitiva del general era la independencia del Perú.
El sitio de Lima se prolonga por algunos meses; y en el mes de marzo arriba al Perú el capitán Manuel Abreu, enviado por el rey de España como emisario pacificador, sin ninguna consecuencia favorable para los independentistas.
San Martín decide iniciar una nueva estrategia y envía dos ejércitos, uno al mando del general Guillermo Miller, para desembarcar en las costas del sur, y otro al mando del general Arenales, hacia la sierra.
San Martín deja Huacho y desembarca en Ancón, estrechando el cerco a Lima.
En simultáneo inicia nuevas negociaciones de paz, que se realizaron entre mayo y junio en la hacienda de Punchauca, cerca de Lima; los delegados de San Martín fueron Tomás Guido, Juan García del Río y José Ignacio de la Roza; por parte del virrey La Serna fueron Manuel Abreu, Manuel de Llano y José María Galdeano. Las negociaciones de nuevo fracasan
Pocos días después se pasó a sus filas uno de los más destacados regimientos de las fuerzas del virrey: el regimiento realista Numancia, compuesto de venezolanos y neogranadinos, que había sido formado en Venezuela en 1813 y enviada al Perú tres años más tarde por Pablo Morillo. Esta deserción en masa desmoralizó al resto de las fuerzas realistas, lo que obligó a De La Serna a abandonar la ciudad el 5 de julio e internarse en la sierra. Esto le abrió las puertas de Lima a San Martín.
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San Martín ocupa Lima y reúne un cabildo abierto el 15 de julio de 1821.
El 28, ante una multitud en la Plaza de Armas de Lima, declara la Independencia del Perú y fue nombrado Protector del Perú con autoridad civil y militar.
Forma su ministerio con los ministros Hipólito Unanue, de Hacienda, Juan García del Río, de Relaciones Exteriores y Bernardo de Monteagudo, de Guerra y Marina.
En octubre dicta un Estatuto Provisorio de Gobierno.
Entretanto, las poderosas fuerzas militares del virrey seguían intactas dominando la sierra peruana.
