Con la llegada de los españoles, algunos criados fieles se llevaron las momias de sus monarcas a algún lugar seguro para que no pudiesen ser profanadas, y allí siguieron siendo veneradas en secreto.
En 1558, Juan Polo de Ondegardo fue nombrado corregidor de Cuzco y entre sus objetivos estaba localizar las momias de los reyes incas. Tuvo éxito en su búsqueda, ya que descubrió las momias de varios gobernantes y sus coyas (reinas).
El corregidor las reunió todas en su casa y allí las pudo ver el cronista Garcilaso de la Vega, que narra así el encuentro: "En la habitación encontré cinco cuerpos de los gobernantes incas, tres varones y dos hembras. Los cuerpos estaban perfectamente conservados [...]. Estaban vestidos como lo habían sido en vida. Fueron enterrados en una posición sentada, sus manos cruzadas a través de su pecho, la izquierda sobre la derecha, y sus ojos bajos, como si buscaran en el suelo [...]. Los cuerpos pesaban tan poco que cualquier indio podría llevarlos en sus brazos en la espalda de casa en casa".
Tras esta visita, los cuerpos fueron enviados a Lima, y el virrey Andrés Hurtado de Mendoza mandó conservarlos en el recinto del Hospital Real de San Andrés, donde el jesuita José de Acosta pudo verlas y describirlas. A partir de ese momento existen muy pocas menciones sobre estos cuerpos; la última data de 1638. Siglos después, en 1937, José de la Riva-Agüero dirigió una investigación para saber si, efectivamente, las momias seguían en el hospital o qué había sido de ellas. Se descubrieron varias criptas, pero en ninguna de ellas había momias.
En 2001, otra expedición arqueológica intentó dar con el paradero de las esquivas momias. Empleando un radar de penetración terrestre hallaron una cripta subterránea abovedada bajo el hospital y un pozo con basura de época colonial. En 2005 se excavó en estos lugares, pero no se halló ni rastro de momias. ¿Estuvieron enterradas aquí las momias reales incas? ¿Fueron trasladadas en algún momento a otra ubicación? ¿Continúan ocultas en algún rincón del hospital? Por ahora estas preguntas permanecen sin respuesta y el destino de las momias de los grandes gobernantes incas continúa siendo un enigma. (Datos: National Geographic)
Es posible, que entre todos los tesoros peruanos saqueados y llevados a Chile por los invasores mercenarios del sur durante la Guerra del Guano y el Salitre, estuviesen también las momias de los gobernantes del Imperio Cuzqueño o de los Incas. No hay otra explicación sobre otros que pudieran haber realizado el robo.
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